Lembeh menerapkan sistem entrance-fee / bea masuk bagi kegiatan penyelaman di wilayah yang terkenal dengan macro-nya itu. Hal ini diberlakukan oleh pemerintah Bitung dengan tujuan melindungi selat yang sangat berharga ini. Selain entrance fee, diberlakukan juga aturan penyelaman dengan tujuan menyebarluaskan kegiatan dan aktifitas penyelaman yang bertanggungjawab.
Efektif sejak Pebruari 2010, semua penyelam yang menyelam di selatLembeh wajib membayar sebesar Rp 50,000 (~$5.35 atau ~€3.78) dan tentunya mengikuti aturan penyelaman yang berlaku.

Berikut beberapa aturan penyelaman yang ditetapkan :

■No touching or disturbing animals == dilarang menyentuh atau memegang hewan apapun
■No anchoring == dilarang menggunakan jangkar
■Dive Ratio of no more then 4 guests per 1 Dive Guide == Rasio pemandu selam dengan tamu maksimal 1:4
■Maximum of 15 divers per site including dive guide == maksimal 15 penyelam di setiap site termasuk pemandu